Hallo!
Ich hab keine Ahnung was WebGL tut, aber PostGIS und SFCGAL bietet einiges an 3D-Funktionalität, X3D-Export gibts auch, vielleicht hilfts ja
Gruß Uwe
EDIT: Kurz mal gegoogelt, hört sich interessant an. Eventuell ist die JSON-Funktionalität von Postgres nützlich dafür.